O Colégio Ágora foi idealizado, no ano de 2002, por duas colegas, Maria das Mercês Gomes Guimarães e Cleuza Salomé Duarte Castro, que se conheceram e atuaram como professoras na rede estadual de ensino por um período de tempo considerável antes de se aposentarem.
Assim que se aposentaram, obtiveram conhecimento da vacância de um ponto (estabelecimento), a atual sede do colégio, e resolveram investir na criação/ compra do local em questão.
No ponto, que estava sendo vendido, funcionava uma escola – Colégio Integrado de Viçosa. Mercês e Cleuza adquiriram-no, e por um tempo mantiveram, tanto o nome da escola, como o seu sistema de ensino, que era o da Rede Pitágoras. Enquanto Mercês gerenciava a parte administrativa, Cleuza se dedicara à parte pedagógica.
Após um tempo, o corpo gestor e docente, de maneira deliberada, alteram o nome da escola para Colégio Ágora[1]. A Rede Pitágoras continua sendo o sistema de ensino da instituição, pois segundo Mercês a proposta deles seria coerente aos objetivos que ela acreditava serem os atinentes à Educação.
Depois de três anos de parceria entre Mercês e Cleuza, esta última resolve assumir a administração de um cartório, herança de família e como consequência, Mercês passa, então, a ser, interinamente a gestora do Colégio Ágora.
Como era necessário substituir o cargo ocupado pela Cleuza, Mercês convida uma colega, Márcia Fernandes Quintão, para atuar como Coordenadora Geral. Contudo, em decorrência de um aneurisma, bem como outros problemas de saúde, a mesma precisou se aposentar, algo que ocorreu no mês de setembro do ano de 2009. Ano este caracterizado, segundo Mercês, como um dos mais desafiadores, devido a uma série de questões, dentre elas, alguns problemas pessoais que enfrentou.
Assim que Márcia deixou o cargo, uma professora, Angelina Rita Perdigão Martins Ferreira, que atuava na escola, e tinha experiência com cargos de gestão escolar, assume a Coordenação Geral do Colégio Ágora.
Angelina atuou no cargo em questão até 2014, sendo substituída por Maria Aparecida Pereira Lopes, que até então era professora do colégio, ministrando aulas para as turmas do Ensino Fundamental – Anos Iniciais.
No ano de 2021, a instituição passa por reformulações organizacionais, vendo a necessidade de fazer alterações administrativas, operacionais e pedagógicas. Com o avanço da tecnologia e mudanças na educação, a mantenedora vê novas possibilidades de mercado, e faz uma nova parceria com o Sistema de Ensino pH, sistema este que também corresponde ao mesmo grupo educacional da Rede Pitágoras.
Dessa forma o Colégio Ágora passa por uma transição entre sistemas, e começa a trabalhar com novas ferramentas, metodologias de ensino, calendário letivo mais organizado, novos materiais didáticos e identidade visual moderna. Surgem-se então, novos cargos e funções.
Neste mesmo ano, a instituição de ensino inicia o período letivo com dois novos postos: Vice-Direção e coordenação pedagógica exclusiva para o Ensino Médio. Até presente momento, Maria das Mercês Gomes Guimarães continua como mantenedora e responsável pela parte administrativa da escola.
[1] Influência da filosofia grega, a ágora era a praça pública onde se realizavam as assembléias políticas na Grécia antiga, e segundo os filósofos gregos, o local onde se obtinha o conhecimento.